Genekspression er den proces, hvorved information fra et gen anvendes i syntesen af ​​et funktionelt genprodukt. Disse produkter er ofte proteiner, men på en ikke-proteinkodende gener, såsom transfer-RNA eller lille nukleare RNA-gener, produktet er en funktionel RNA. Processen med genekspression bruges af alle kendte liv - eukaryoter, prokaryoter og udnyttes af vira - for at generere den makromolekylære maskiner for livet. Flere trin i genekspression processen kan moduleres, herunder transkription, RNA-splejsning, translation og post-translationel modifikation af et protein. Genregulering giver cellen kontrol over struktur og funktion, og er grundlaget for cellulær differentiering, morfogenese og alsidighed og tilpasningsevne enhver organisme. Genregulering kan også tjene som substrat for evolutionær forandring, idet styring af tid, sted, og mængden af ​​genekspression kan have en dybtgående indvirkning på funktionerne af genet i en celle eller i en flercellet organisme.

I genetik, genekspression er den mest grundlæggende niveau, hvor genotypen giver anledning til fænotypen. Den genetiske kode er lagret i DNA "fortolkes" af genekspression, og egenskaberne af udtrykket giver anledning til organismens fænotype. Sådanne fænotyper er ofte udtrykt ved syntesen af ​​proteiner, der styrer organismens form, eller at fungere som enzymer katalyserer specifikke metaboliske veje karakteriserer organismen.

Mekanisme

Transskription

Et gen er en strækning af DNA, der koder oplysninger. Genomisk DNA består af to antiparallelle og reverse komplementære strenge, som hver har 5'- og 3'-enderne. Med hensyn til et gen, kan de to strenge mærkes det "template-strengen", der tjener som en model for produktion af et RNA-transskript, og "kodende streng", som omfatter DNA-version af transkriptet sekvens. Produktionen af ​​RNA-kopier af DNA kaldes transkription, og er udført i kernen med RNA-polymerase, som tilføjer et RNA nukleotid ad gangen til en voksende RNA-streng. Dette RNA er komplementært til templaten 3 '→ 5'-DNA-strengen, som selv er komplementær til den kodende 5'→ 3'-DNA-streng. Derfor den resulterende 5'→ 3'-RNA-strengen er identisk med den kodende DNA-streng med den undtagelse, at thyminer erstattes med uraciler i RNA. En kodende DNA-streng læsning "ATG" er indirekte transkriberet gennem ikke-kodende streng som "August" i RNA.

Transkription i prokaryoter udføres af en enkelt type af RNA-polymerase, som har brug for en DNA-sekvens kaldet en Pribnow box samt en sigma faktor til at starte transkription. I eukaryoter, er transskription udføres af tre typer RNA-polymeraser, som hver især kræver en særlig DNA-sekvens kaldes promotoren og et sæt af DNA-bindende proteiner - transskriptionsfaktorer at indlede processen. RNA-polymerase I er ansvarlig for transkription af ribosomalt RNA-gener. RNA-polymerase II transkriberer alle protein-kodende gener, men også nogle ikke-kodende RNA'er. Pol II indbefatter et C-terminalt domæne, der er rigt på serinrester. Når disse rester phosphoryleres, CTD binder til forskellige protein faktorer, der fremmer udskrift modning og modifikation. RNA-polymerase III transskriberer 5S rRNA, transfer-RNA-gener, og nogle små ikke-kodende RNA'er. Transskription slutter, når polymerasen møder en sekvens kaldes terminatoren.

RNA-bearbejdning

Mens transskription af prokaryote protein-kodende gener skaber messenger-RNA, der er klar til oversættelse til protein, transskription af eukaryote gener efterlader en primær udskrift af RNA, som først skal gennemgå en række ændringer for at blive et modent mRNA.

Disse omfatter 5 "loft, som er fastsat af enzymatiske reaktioner, der tilsættes 7-methylguanosin til 5'-enden af ​​præ-mRNA og dermed beskytte RNA mod nedbrydning af exonukleaser. MG cap derefter bundet af hætten bindende kompleks heterodimer, som hjælper i mRNA eksportere til cytoplasmaet og også beskytte RNA fra decapping.

En anden ændring er 3'-spaltning og polyadenylering. De opstår, hvis polyadenyleringssignal sekvens er til stede i præ-mRNA, som normalt er fra protein-kodende sekvens og terminator. Den præ-mRNA først spaltes og derefter tilsættes en række ~ 200 adeniner at danne poly hale, som beskytter RNA mod nedbrydning. Poly hale er bundet af flere poly-bindende proteiner, der er nødvendige for mRNA-eksport og translation re-initiering.

En meget vigtig modifikation af eukaryote præ-mRNA er RNA-splejsning. Størstedelen af ​​eukaryote præ-mRNA'er består i skiftevis segmenter kaldet exoner og introner. Under processen med splejsning, en RNA-protein katalytisk kompleks kendt som spliceosome katalyserer to omestringsreaktioner, som fjerner en intron og slip den i form af lasso struktur, og derefter splejse tilstødende exons sammen. I visse tilfælde kan nogle introner eller exoner enten fjernes eller tilbageholdes i modne mRNA. Denne såkaldte alternativ splejsning skaber række af forskellige transkripter stammer fra et enkelt gen. Fordi disse transkripter kan potentielt omsættes til forskellige proteiner, splejsning udvider kompleksitet eukaryot genekspression.

Omfattende RNA-bearbejdning kan være en evolutionær fordel muliggjort af kernen i eukaryoter. I transkription og translation prokaryoter ske sammen samtidig i eukaryoter kernemembranen adskiller de to processer giver tid til RNA-bearbejdning at forekomme.

Ikke-kodende RNA-modning

I de fleste organismer ikke-kodende gener transkriberes som prækursorer, der undergår yderligere behandling. I tilfælde af ribosomale RNA'er, er de ofte transkriberes som en pre-rRNA, der indeholder en eller flere rRNA'er. Den præ-rRNA spaltes og modificeret på specifikke steder med ca. 150 forskellige små nucleolus-begrænset RNA arter, kaldet snoRNAs. SnoRNAs associeret med proteiner, der danner snoRNPs. Mens snoRNA del basepar med mål-RNA'et og derved positionere modifikation ved en præcise sted, proteindelen udfører katalytisk reaktion. I eukaryoter, en snoRNP navnlig kaldes RNase, MRP spalter 45S rRNA pre-ind 28S, 5,8S og 18S rRNA. RRNA og RNA forarbejdningsfaktorer danner store aggregater kaldet nucleolus.

I tilfælde af overførsel RNA, for eksempel 5'-sekvens er fjernet ved RNase P, mens 3'-enden fjernes af tRNase Z enzymet og ikke-template 3 'CCA halen tilføjet med et nukleotidyltransferase. I tilfælde af mikro-RNA, er miRNA først transkriberes som primære transkripter eller PRI-miRNA med en hætte og poly-A-halen og bearbejdes til korte, 70-nucleotid stem-loop strukturer kendt som præ-miRNA i cellekernen af ​​enzymerne drosha og Pasha. Efter at være blevet eksporteret, er det derefter behandlet til modne miRNA i cytoplasmaet ved interaktion med endonuclease Dicer, som også initierer dannelsen af ​​RNA-induceret nedregulering kompleks, bestående af Argonaute protein.

Selv snRNAs og snoRNAs selv undergår serie af ændringer, før de bliver en del af funktionel RNP-kompleks. Dette gøres enten i nucleoplasm eller i de specialiserede kamre kaldes Cajal organer. Deres baser er methyleret eller pseudouridinilated af en gruppe af små Cajal body-specifikke RNA'er, som strukturelt ligner snoRNAs.

RNA-eksport

I eukaryoter mest modne RNA skal eksporteres til cytoplasmaet fra kernen. Mens nogle RNA'er fungere i kernen, er mange RNA'er transporteres gennem de nukleare porer og ind i cytosolen. Især omfatter dette alle typer RNA involveret i proteinsyntese. I nogle tilfælde RNA'er desuden transporteres til en bestemt del af cytoplasmaet, såsom en synapse; de er derefter trukket af motordrevne proteiner, der binder gennem linker proteiner til specifikke sekvenser på RNA.

Oversættelse

For nogle RNA det modne RNA er den sidste genprodukt. I tilfælde af messenger-RNA RNA er en informationsbærer, der koder for syntesen af ​​et eller flere proteiner. mRNA, der bærer en enkelt protein sekvens er monocistronisk mens mRNA bærer flere proteinsekvenser er kendt som polycistronisk.

Hver mRNA består af tre dele - 5 'utranslaterede region, protein-kodende region eller åbne læseramme og 3'-utranslaterede område. Den kodende region bærer information til proteinsyntese kodes af den genetiske kode til at danne tripletter. Hver triplet af nukleotider i den kodende region kaldes en codon og svarer til et bindingssted komplementært til et antikodon triplet i transfer-RNA. Overfør RNA'er med den samme anticodonet sekvens altid bære en identisk type aminosyre. Aminosyrer derefter lænket sammen af ​​ribosomet ifølge rækkefølgen af ​​tripletter i den kodende region. Ribosomet hjælper transfer-RNA til at binde til messenger-RNA og tager aminosyre fra hver overførsel RNA og gør en struktur-mindre protein ud af det. Hver mRNA-molekyle er oversat til mange proteinmolekyler, i gennemsnit ~ 2800 i pattedyr.

I prokaryoter translation generelt opstår på tidspunktet for transkription, ofte ved hjælp af et messenger-RNA, der stadig er i færd med at blive skabt. I eukaryoter translation kan forekomme i en række forskellige områder af cellen afhængig af hvor proteinet skrives formodes at være. Større steder er cytoplasmaet for opløselige cytoplasmiske proteiner og membranen af ​​endoplasmatisk reticulum for proteiner, der er til eksport fra cellen eller indsættelse i en cellemembran. Proteiner formodes at udtrykke på det endoplasmatiske reticulum, indregnes del-vej gennem oversættelsesprocessen. Dette reguleres ved hjælp af partikel signalet anerkendelse et protein, der binder til ribosomet og dirigerer det til det endoplasmatiske reticulum, når den finder et signal peptid på den voksende aminosyrekæde. Oversættelse er kommunikationen af ​​betydningen af ​​en kilde-sproget tekst ved hjælp af et tilsvarende mål-sproget tekst

Foldning

Polypeptidet folder i sin karakteristiske og funktionelle tredimensionelle struktur fra en random coil. Hvert protein eksisterer som en udfoldet polypeptid eller random coil når de bliver oversat fra en sekvens af mRNA i en lineær kæde af aminosyrer. Dette polypeptid mangler enhver udviklet tredimensionelle struktur. Aminosyrer interagerer med hinanden for at frembringe en veldefineret tredimensionel struktur, det foldede protein kendt som den native tilstand. Den resulterende tredimensionale struktur bestemmes af aminosyresekvensen.

Den korrekte tredimensionale struktur er afgørende for funktion, selv om nogle dele af funktionelle proteiner kan forblive udfoldet Manglende folde i den tilsigtede form frembringer sædvanligvis inaktive proteiner med forskellige egenskaber, herunder toksiske prioner. Adskillige neurodegenerative og andre sygdomme menes at skyldes ophobning af fejlfoldede proteiner. Mange allergier er forårsaget af foldningen af ​​proteiner, for immunsystemet ikke producerer antistoffer til visse proteinstrukturer.

Enzymer kaldet chaperoner bistå nydannede protein for at opnå den 3-dimensionelle struktur er nødvendige for at fungere. Tilsvarende RNA chaperones hjælper RNA nå deres funktionelle former. Bistå proteinfoldning er en af ​​de vigtigste roller det endoplasmatiske reticulum i eukaryoter.

Translokation

Sekretoriske proteiner af eukaryoter eller prokaryoter skal translokeres at indtaste den sekretoriske pathway. Nysyntetiserede proteiner instrueret til eukaryote eller prokaryote Sec61 SecYEG translokation kanal ved signalpeptider. Henviser effektiviteten af ​​protein sekretion i eukaryoter er meget afhængig af signalpeptidet, der har været anvendt.

Protein transport

Mange proteiner er bestemt til andre dele af cellen end cytosolen og en bred vifte af signalering sekvenser eller anvendes til direkte proteiner til hvor de formodes at være. I prokaryoter er normalt en enkel proces på grund af begrænset opdeling af cellen. Men i eukaryoter er der et stort udvalg af forskellige målretning processer for at sikre proteinet ankommer til den korrekte organel.

Ikke alle proteiner forbliver i cellen, og mange eksporteres, for eksempel fordøjelsesenzymer, hormoner og ekstracellulære matrixproteiner. I eukaryoter eksporten vej er veludviklet og den vigtigste mekanisme for eksport af disse proteiner er translokation til det endoplasmatiske reticulum, efterfulgt af transport via Golgi apparatet.

Regulering af genekspression

Regulering af genekspression refererer til kontrol af mængde og tidspunkt for udseende funktionelt produkt af et gen. Kontrol af ekspression er afgørende for at tillade en celle for at fremstille genprodukterne det behov, når det har brug for dem; til gengæld det giver celler fleksibilitet til at tilpasse sig til en variabel miljø, eksterne signaler, skader på cellen, etc. Nogle enkle eksempler på, hvor genekspression er vigtig, er:

• Kontrol af insulinekspression så det giver et signal til måling af blodsukker regulering
• X-kromosom inaktivering hos hunpattedyr at forhindre en "overdosering" af generne, den indeholder.
• Cyclin ekspressionsniveauer kontrol progression gennem den eukaryotiske cellecyklus

Mere generelt genregulering giver cellen kontrol over al struktur og funktion, og er grundlaget for cellulær differentiering, morfogenese og alsidighed og tilpasningsevne enhver organisme.

Alle trin af genekspression kan moduleres, fra DNA-RNA-transkription trin til post-translationel modifikation af et protein. Stabiliteten af ​​det færdige genprodukt, hvad enten det er RNA eller protein, bidrager også til ekspressionsniveauet af genet - et ustabilt produkt resulterer i et lavt ekspressionsniveau. Generelt genekspression reguleres ved ændringer i antallet og typen af ​​interaktioner mellem molekyler, der virker sammen transkription af DNA og translation af RNA.

Talrige termer bruges til at beskrive typer af gener, afhængigt af hvordan de er reguleret; disse omfatter:

• En konstitutivt gen er et gen, som transkriberes kontinuerligt i modsætning til en fakultativ gen, som kun transkriberes når det er nødvendigt.
• En housekeeping-genet er typisk et konstitutivt gen, som transkriberes på et relativt konstant niveau. Husholdning gen produkter er typisk nødvendige for opretholdelse af cellen. Det er almindeligt antaget, at deres ekspression er upåvirket af forsøgsbetingelser. Eksempler indbefatter actin, GAPDH og ubiquitin.
• En fakultativ er et gen transkriberet kun når det er nødvendigt i modsætning til en konstitutiv gen.
• En inducerbart gen er et gen, hvis ekspression er enten reagerer på miljøændringer eller afhængig af positionen i cellecyklus.

Transkriptionel regulering

Regulering af transskription kan opdeles i tre hovedruter for indflydelse; genetiske, modulation vekselvirkning mellem en kontrol faktor med transskription maskiner og epigenetiske men også som en rute af mRNA destabilisering. Hvis et mRNA-molekyle har en komplementær sekvens til en lille interfererende RNA så er målrettet til destruktion via pathway RNA-interferens.

Translationel regulering

Direkte regulering af oversættelse er mindre udbredt end styring af transskription eller mRNA stabilitet, men er lejlighedsvis anvendes. Inhibering af protein translation er et stort mål for toksiner og antibiotika, så de kan dræbe en celle i tvingende sin normale genekspression kontrol. Proteinsynteseinhibitorer omfatter antibiotikummet neomycin og toksinet ricin.

Proteinnedbrydning

Når proteinsyntese er komplet niveauet af ekspression af dette protein kan reduceres ved proteinnedbrydning. Der er store protein nedbrydningsveje i alle prokaryoter og eukaryoter, hvoraf proteasomet er en fælles komponent. En unødvendige eller beskadiget protein er ofte mærket for nedbrydning ved tilsætning af ubiquitin.

Måling

Måling genekspression er en vigtig del af mange biovidenskab - evnen til at kvantificere det niveau, hvor et bestemt gen udtrykkes i en celle, væv eller organisme kan give en enorm mængde oplysninger. For eksempel måling af genekspression kan:

• Identificer virusinfektion af en celle
• Bestemme en persons modtagelighed for kræft
• Finde, hvis en bakterie er resistent over for penicillin.

Tilsvarende analyse af placeringen af ​​ekspressionsprotein er et kraftfuldt værktøj, og dette kan gøres på en organisme eller cellulær skala. Undersøgelse af lokalisering er særlig vigtig for undersøgelse af udviklingen i flercellede organismer og som en indikator for proteinfunktion i enkelte celler. Ideelt måling af ekspression udføres ved at detektere endelige genprodukt, men det er ofte lettere at detektere en af ​​forløberne, typisk mRNA og udlede genekspressionsniveauet.

mRNA kvantificering

Niveauer af mRNA kan måles kvantitativt ved Northern blotting, som giver størrelse og sekvensinformationen om mRNA molekyler. En prøve af RNA separeres på en agarosegel og hybridiseret til en radioaktivt mærket RNA-probe, der er komplementær til målsekvensen. Det radioaktivt mærkede RNA detekteres derefter af et autoradiografi. Fordi brugen af ​​radioaktive reagenser gør proceduren tidskrævende og potentielt farlige, alternative mærknings- og detekteringsmetoder, såsom digoxigenin og biotin kemi, er blevet udviklet. Opfattede ulemper ved Northern blotting er, at der kræves store mængder RNA og kvantificering kan ikke være helt nøjagtig, da det indebærer måling band styrke i et billede af en gel. På den anden side, de yderligere mRNA størrelsen oplysninger fra Northern blot tillader diskrimination af skiftevis splejsede transkripter.

En anden tilgang til måling af mRNA-overflod er RT-qPCR. I denne teknik, er revers transkription efterfulgt af kvantitativ PCR. Revers transkription genererer først en DNA-skabelon fra mRNA; Dette enkeltstrengede templat kaldes cDNA. CDNA template amplificeres dernæst i kvantitative trin, hvorunder fluorescensen udsendt af mærkede hybridiseringsprober eller interkalerende farvestoffer ændringer som DNA-amplifikation skrider frem. Med en omhyggeligt konstrueret standardkurve, kan qPCR frembringe en absolut måling af antallet af kopier af oprindelige mRNA, typisk i enheder af kopier pr nanolitre homogeniseret væv eller kopier per celle. qPCR er meget følsom, men kan være dyrt afhængigt af typen af ​​reporter anvendes; fluorescensmærkede oligonukleotidprober er dyrere end ikke-specifikke interkalerende fluorescerende farvestoffer.

Til ekspression profilering eller high-throughput analyse af mange gener i en prøve, kan kvantitativ PCR udføres for hundreder af gener samtidigt i tilfælde af lav densitet arrays. En anden tilgang er den hybridisering microarray. En enkelt array eller "chip" kan indeholde prober til at bestemme transkriptniveauer for alle kendte gen i genomet af en eller flere organismer. Alternativt kan "tag baserede" teknologier som Serial analyse af genekspression og RNA-Seq, som kan give et relativt mål for den cellulære koncentration af forskellige mRNA'er, kan anvendes. En fordel ved tag-baserede metoder er "åben arkitektur", giver mulighed for nøjagtig måling af en transkript med en kendt eller ukendt sekvens. Næste generation sekventering såsom RNA-Seq er en anden tilgang, der producerer enorme mængder af sekvens data, der kan matches til en reference genom. Selvom NGS er forholdsvis tidskrævende, dyre og ressourcekrævende, kan den identificere single-polymorfier, splejsnings-varianter, og hidtil ukendte gener, og kan også bruges til at profilere ekspression i organismer, for hvilke ringe eller ingen sekvensinformation er tilgængelig .

Protein kvantificering

For gener, der koder proteiner ekspressionsniveauet direkte kan vurderes ved en række midler med nogle klare analogier til teknikkerne til mRNA kvantificering.

Den mest anvendte metode er at udføre en Western blot mod proteinet af interesse - dette giver oplysninger om størrelsen af ​​proteinet foruden sin identitet. En prøve separeres på en polyacrylamidgel, overført til en membran og derefter probet med et antistof mod proteinet af interesse. Antistoffet kan enten være konjugeret til en fluorofor eller peberrodsperoxidase til billeddannelse og / eller kvantificering. Gel-baserede karakter dette assay gør kvantificering mindre nøjagtig, men det har den fordel at være i stand til at identificere senere ændringer til proteinet, for eksempel proteolyse eller ubiquitinering fra ændringer i størrelse.

Lokalisering

Analyse af ekspression er ikke begrænset til kun kvantificering; lokalisering kan også bestemmes. mRNA kan detekteres med en passende mærket komplementær mRNA-streng og protein kan detekteres via mærkede antistoffer. Den tastede prøven derefter iagttages ved mikroskopi til at identificere, hvor mRNA eller protein er.

Ved at erstatte det gen med en ny version fusioneret til et grønt fluorescerende protein markering, kan ekspression direkte kvantificeres levende celler. Dette gøres ved at billeddannelse ved hjælp af et fluorescensmikroskop. Det er meget vanskeligt at klone et GFP-fusioneret protein i dets native placering i genomet uden at påvirke ekspressionsniveauer så denne metode ofte ikke kan anvendes til måling af endogen genekspression. Det er imidlertid i vid udstrækning anvendes til at måle ekspressionen af ​​et gen kunstigt indføres i cellen, for eksempel via en ekspressionsvektor. Det er vigtigt at bemærke, at ved at fusionere et målprotein til et fluorescerende reporter proteinets opførsel, herunder dens cellulære lokalisering og ekspressionsniveau, kan blive væsentligt ændret.

Enzym-linked immunosorbent assay virker ved hjælp af antistoffer immobiliseret på en mikrotiterplade at indfange proteiner af interesse fra prøver tilsættes til brønden. Ved hjælp af en påvisning antistof konjugeret til et enzym eller fluorophor mængden af ​​bundet protein kan måles nøjagtigt ved fluorometrisk eller kolorimetrisk detektion. Påvisningen processen er meget lig den af ​​et Western blot, men ved at undgå gel trin mere nøjagtig kvantificering kan opnås.

Ekspressionssystem

Et udtryk er et system specielt udformet til fremstilling af et genprodukt af valg. Det er normalt et protein selv kan også være RNA, såsom tRNA eller et ribozym. Et ekspressionssystem består af et gen, som normalt kodes af DNA, og den molekylære maskiner, der transskribere DNA til mRNA og omsætte mRNA til protein under anvendelse af reagenserne leveret. I bredeste forstand dette inkluderer alle levende celler, men udtrykket er mere normalt anvendes til at henvise til udtryk som et laboratorium værktøj. Et ekspressionssystem er derfor ofte kunstig på nogle måde. Ekspressionssystemer er dog en fundamental naturlig proces. Vira er et glimrende eksempel hvor de replikere ved hjælp af værtscellen som et udtryk for de virale proteiner og genom.

Inducerbar ekspression

Doxycyclin anvendes også i "Tet-On" og "Tet-off" tetracyclinkontrolleret transkriptionel aktivering til at regulere transgenekspression i organismer og cellekulturer.

I naturen

Ud over disse biologiske værktøjer, der visse naturligt observeres konfigurationer af DNA og tilhørende maskineri selv benævnt et ekspressionssystem. Dette udtryk anvendes normalt i det tilfælde, hvor et gen eller et sæt af gener er tændt under veldefinerede betingelser. For eksempel den simple repressor switch ekspressionssystem i lambda-fag og lac operator-systemet i bakterier. Adskillige naturlige ekspressionssystemer anvendes direkte eller modificeret og anvendt til kunstige ekspressionssystemer, såsom Tet-on og Tet-off ekspressionssystem.

Gene netværk

Gener er undertiden blevet opfattet som knudepunkter i et netværk, med input er proteiner, såsom transkriptionsfaktorer og udgange er niveauet af genekspression. Noden selv udfører en funktion, og driften af ​​disse funktioner er blevet fortolket som at udføre en slags informationsbehandling i celler og bestemmer cellulære adfærd.

Gene netværk kan også konstrueres uden formulere en eksplicit kausalmodel. Dette er ofte tilfældet, når montage netværk fra store udtryk datasæt. Samvariation og korrelation udtryk beregnes på tværs af en stor stikprøve af sager og målinger. Kilden til variation kan være enten eksperimentelle eller naturlige. Der er flere måder at konstruere genekspression netværk, men en fælles tilgang er at beregne en matrix af alle parvise korrelationer udtryksformer på tværs forhold, tidspunkter, eller enkeltpersoner og konvertere matricen i en grafisk repræsentation, hvor knuder repræsenterer gener, udskrifter eller proteiner og kanter forbinder disse knudepunkter repræsenterer styrken af ​​foreningen. Vægtet korrelation netværksanalyse indebærer vægtede net defineret af soft-tærsklingsrutine de parvise korrelationer blandt variabler.

Teknikker og værktøjer

De følgende eksperimentelle teknikker anvendes til at måle genekspression og er opført i nogenlunde kronologisk rækkefølge startende med de ældre, mere etablerede teknologier. De er inddelt i to grupper baseret på deres grad af multiplexity.

• Lav-til-midt-komplekse teknikker:
  • Reportergen
  • Northern blot
  • Western blot
  • Fluorescerende in situ-hybridisering
  • Revers transkription PCR
• Højere-plex teknikker:
  • SAGE
  • DNA microarray
  • Fliselægning-array
  • RNA-Seq