Myoviridae

FONT SIZE:

Januar 18, 2016 Finn Palgrave M 0 16

Den Myoviridae er en familie af bakteriofager. Det er blevet opdelt i fire subfamiles og elleve slægter. Mange arter er endnu ikke blevet tildelt enten en slægt eller en familie. Der er mindst 130 arter i denne familie.

Virologi

Disse er nonenveloped virus og består af et hoved og en hale adskilt af en hals.

Hovedet har en diameter på 50-110 nm og har tyvefladet symmetri. Det er sammensat af 152 capsomerer, som er sekskantet i omrids.

Det rørformede Halen spiralformet symmetri og er 16-20 nm i diameter. Den består af et centralt rør, en kontraktil kappe, en krave, en bundplade, seks hale stifter og seks lange fibre. Det svarer til Tectiviridae, men adskiller sig i det faktum, at en myovirus 'hale er permanent.

Sammentrækninger af halen kræver ATP. På sammentrækning af skeden, kappe underenheder glide over hinanden og halen forkorter til 10-15 nm i længden.

Genomet er lineær, dobbeltstrenget DNA mellem 33.6-170 kilobaser i længden. Det har terminalt redundante sekvenser. GC-indhold er ~ 35%. Genomet koder 200-300 proteiner, der transkriberes i operoner.

5-Hydroxymethylcytosine kan være til stede i genomet.

Livscyklus

På binde sig til en værtscelle, virus bruger sin kontraktile kappe som en sprøjte, piercing cellevæggen med sin centrale rør og injektion af genetisk materiale i værten. Det injicerede DNA overtager værtscellens mekanismer til transkription og translation og begynder at fremstille nye vira. Lysis opstår, når værten ressourcer er opbrugt, og de nye vira flygte fra de døde værtscelle.

Selvom Myoviruses generelt lytiske, mangler generne kræves for at blive lysogen, kendes en række lysogene arter.

Underafsnit

Den underfamilie Tevenvirinae er opkaldt efter sin art arter Enterobakterier fag T4. Medlemmer af denne underfamilie er morfologisk skelnes og har moderat aflange hoveder omkring 110 nanometer i længden, 114 nm lange haler med en krave, bundplader med korte pigge og seks lange knæk hale fibre. Slægterne inden for denne underfamilie er opdelt på grundlag af hovedet morfologi med slægten T4likevirus have et hoved længde på 137 nm og dem i slægten Schizot4likevirus være 111 nm i længden. Inden slægterne på grundlag af proteinhomologi arterne er opdelt i et antal grupper.

Den underfamilie Peduovirinae har virioner med lederne af 60 nm i diameter og haler af 135 × 18 nm. Disse fager identificeres let, fordi kontraherede skafter har tendens til at glide af halen kerne. P "fag er den type arter.

Den underfamilie Spounavirinae er alle virulente, bredt værten range fager, der inficerer medlemmer af Firmicutes. De har isometrisk lederne af 87-94 nm i capsomerer diameter og iøjnefaldende, tværstribede 140-219 nm lange haler og en dobbelt bundplade. På halen spidsen er kugleformede strukturer nu ved at være base plade pigge og korte knæk hale fibre med seksdoblet symmetri. Medlemmer af denne gruppe normalt besidder store nonpermuted genomer med 3,1-20 kb terminal afskedigelser. Navnet for denne underfamilie er afledt af SPO plus una.

Den haloviruses HF1 og HF2 tilhører den samme slægt, men da de inficerer archaea snarere end bakterier vil sandsynligvis blive placeret i en særskilt slægt, når deres klassificering er blevet afgjort.

En dværg gruppe er blevet foreslået på morfologiske og genomiske grunde. Denne gruppe omfatter de fager Aeromonas salmonicida fag 56, Vibrio cholerae fager 138 og CP-T1, Bdellovibrio fag φ1422 og Pectobacterium carotovorum fag ZF40. Deres fælles karakteristika omfatter en identisk virion morfologi, kendetegnet ved som regel korte kontraktile haler og alle har genom størrelser af ca. 45 kilobaser. Genet orden i den strukturelle enhed af genomet er i rækkefølge: terminase portal hoved hale bundplade hale fibre.

Applikationer

Fordi de fleste Myoviridae er lytisk, snarere end lysogen, fager, har nogle forskere undersøgt deres anvendelse som en terapi for bakterielle sygdomme hos mennesker og andre dyr.

Taksonomi

Følgende virus er blevet klassificeret i slægter:

Underfamilie Tevenvirinae

Genus T4likevirus; skriv arter: Enterobakterier fag T4
- Gruppe T4 seværdighed:
  - Arter:
    - Enterobakterier fag T2
    - Enterobakterier fag T4
    - Enterobakterier fag T6
    - Escherichia fag RB14
    - Escherichia fag RB32
    - Escherichia fag RB51
    - Escherichia fag RB69
    - Escherichia fag JS10
    - Escherichia fag JS98

Genus Schizot4likevirus; Vibrio fag KVP40
- Arter:
  - Vibrio fag KVP40
  - Vibrio fag nt-1

Tevenvirinae ikke er tildelt en slægt
- Arter:
  - Acinetobacter fag 133
  - Aeromonas fag 65
  - Aeromonas fag Aeh1

Underfamilie Peduovirinae

Genus P2likevirus; skriv arter: Enterobakterier fag P2
- Arter:
  - Burkholderia fag phi52237
  - Burkholderia fag phiE202
  - Burkholderia fag phiE12-2
  - Enterobakterier fag 186
  - Enterobakterier fag P2
  - Enterobakterier fag P4
  - Enterobakterier fag psp3
  - Enterobakterier fag Wphi
  - Mannheimia fag phiMhaA1-PHL101
  - Pseudomonas fag phiCTX
  - Ralstonia fag RSA1
  - Salmonella Fels-2
  - Salmonella SopEphi
  - Yersinia fag L-413c

Genus Hpunalikevirus; typen arter: Haemophilus fag HP1
- Arter:
  - Aeromonas fag ΦO18P
  - Haemophilus fag HP1
  - Haemophilus fag HP2
  - Pasteurella fag F108
  - Vibrio fag K139
  - Vibrio fag Kappa

Underfamilie Spounavirinae

Genus Spounalikevirus; typen arter: Bacillus fag SPO1
- Arter:
  - Bacillus fag SPO1
  - Lactobacillus fag 222a

Genus Twortlikevirus; skriv arter: stafylokokker fag Twort
- Arter:
  - Listeria fag A511
  - Listeria fag P100
  - Stafylokokker fag G1
  - Stafylokokker fag K
  - Stafylokokker fag Twort

Spounavirinae ikke er tildelt en slægt
- Arter:
  - Enterococcus fag phiEF24C
  - Lactobacillus fag LP65

Slægter endnu ikke er tildelt en underfamilie

Genus Bcep78likevirus; skriv arter: Burkholderia cepacia fag Bcep781
- Arter:
  - Burkholderia cepacia fag Bcep1
  - Burkholderia cepacia fag Bcep43
  - Burkholderia cepacia fag Bcep781
  - Burkholderia cepacia fag BcepNY3
  - Xanthomonas fag OP2

Genus Bcepmulikevirus; skriv arter: Burkholderia fag BcepMu
- Arter
  - Burkholderia fag BcepMu
  - Burkholderia fag phiE255

Genus Felixounalikevirus; skriv arter: Salmonella fag FelixO1
- Arter
  - Escherichia fag wV8
  - Erwinia fag phiEa21-4
  - Salmonella fag FelixO1

Genus Hapunalikevirus; skriv arter: Halomonas fag phiHAP-1
- Arter
  - Halomonas fag phiHAP-1
  - Vibrio fag VP882

Genus I3likevirus; skriv arter: Mycobacterium fag I3
- Arter:
  - Mycobacterium fag I3

Genus Mulikevirus; skriv arter: Enterobakterier fag Mu
- Arter:
  - Enterobakterier fag Mu

Genus Pbunalikevirus; skriv arter: Pseudomonas fag PB1
- Arter
  - Burkholderia fag BcepF1
  - Pseudomonas fag 14-1
  - Pseudomonas fag F8
  - Pseudomonas fag LBL3
  - Pseudomonas fag LMA2
  - Pseudomonas fag PB1
  - Pseudomonas fag SN

Genus Phicd119likevirus; typen arter: Clostridium fag phiCD119
- Arter:
  - Clostridium fag phiC2
  - Clostridium fag phiCD27
  - Clostridium fag phiCD119

Genus Phihlikevirus; typen arter: Halobacterium fag phiH
- Arter
  - Halobacterium fag phiH

Genus Phikzlikevirus; skriv arter: Pseudomonas fag phiKZ
- Arter:
  - Pseudomonas fag Lin68
  - Pseudomonas fag phiKZ

Genus Punalikevirus; skriv arter: Enterobakterier fag P1
- Arter:
  - Aeromonas fag 43
  - Enterobakterier fag P1

Genus Viunalikevirus; skriv arter: Salmonella fag Vi1
- Arter
  - Dickeya fag kalksten
  - Escherichia fag Cba120
  - Escherichia fag PhaxI
  - Salmonella fag Sfp10
  - Salmonella fag SH19
  - Salmonella fag Vi1
  - Shigella fag AG3

Ikke-tildelte arter

Myoviridae ikke er tildelt en slægt
- Arter:
  - Bacillus fag G
  - Bacillus fag PBS1
  - Microcystis aeruginosa fag Ma-LMM01

Foreslået Genera

Følgende slægter er blevet foreslået, men er i øjeblikket ikke ratificeret af Den Internationale Komité for taksonomi af virus:

Genus Bzxunalikevirus; skriv arter: Mycobacterium fag Bzx1
- Arter
  - Mycobacterium fag Bzx1
  - Mycobacterium fag Cali
  - Mycobacterium fag Catera
  - Mycobacterium fag Myrna
  - Mycobacterium fag Rizal
  - Mycobacterium fag ScottMcG
  - Mycobacterium fag Spud

Genus Cbasmlikevirus; skriv arter: Cellulophaga fag phiSM
- Arter
  - Cellulophaga fag phiSM
  - Cellulophaga fag phi3: 1
  - Cellulophaga fag phi3ST: 2
  - Cellulophaga fag phi38: 2
  - Cellulophaga fag phi47: 1

Genus cyanomyoviruses; skriv arter: Synechococcus fag S-PM2
- Arter
  - Synechococcus fag S-PM2
  - Synechococcus Syn9
  - Prochlorococcus fag P-SSM2
  - Prochlorococcus fag P-SSM4

Genus Ellikevirus; typen arter: Pseudomonas fag EL
- Arter
  - Pseudomonas fag EL
  - Pseudomonas fag OBP
  - Salmonella fag SPN3US

Genus Hfunalikevirus; skriv arter: Halovirus HF1
- Arter
  - Halovirus HF1
  - Halovirus HF2

Genus Plpelikevirus; skriv arter: Iodobacter fag phiPLPE
- Arter
  - Aeromonas fag 56
  - Aggregatibacter fag Aaphi23
  - Bdellovibrio fag phi1402
  - Bdellovibrio fag phi1422
  - Iodobacter fag phiPLPE
  - Pectobacterium fag ZF40
  - Vibrio fag 138
  - Vibrio fag CP-T1
  - Yersinia fag PY100

Genus Rv5likevirus; skriv arter: Escherichia fag RV5
- Arter
  - Enterobakterier fag phi92
  - Escherichia fag RV5
  - Escherichia fag vB_EcoM_FV3
  - Salmonella fag PVP-SE1